Die bisher älteste Nachricht stammt aus dem Jahre 1692, als der damalige Pfarrer Daniel Lossius zu einer Sammlung zur Finanzierung einer Orgel in Bärenstein aufrief. Laut Quittungen wurde die Orgel 1696 vom Dresdner Orgelbauer Christian Gräbner fertig gestellt und ist 1738 beim großen Brandunglück mit zerstört worden.
Am 5. April 1741 wurde auf Schloss Bärenstein der Kontrakt „wegen Erbauung eines neuen Orgel Werks“ zwischen dem Kirchenpatron Christian Gottlieb von Holtzendorff und dem Königl. Hof- und Land-Orgel-Baumeister Johann Ernst Hähnel aus Meißen abgeschlossen. Das Instrument verfügte über 2 Manuale und 4 Bass-Pedale. In einer Zusammenfassung sind die dazu benötigten Materialien und die Ausführung aller Einzelteile bis ins Detail aufgelistet. Meister Hähnel gelobte alles Material zu beschaffen, unter anderem 2 ½ Zentner Zinn des Altenberger Zwitterstocks für die Pfeifen, und bürgte für dessen Qualität.
Spätester Termin für die Fertigstellung war zu Johannis 1742, bis dahin musste er das Werk „vollkommen und ohne allen Mangel und Verzögerung lieffern und sezen, anhere kommen, und sehen, ob alles nach dem Risse Zusammen passe, wie er sich denn auch gefallen lassen will, daß das Orgel-Werck bey der Übergabe, von Zweyen, der Sache verständigen behörig examiniret und censiret werde.“ Als Lohn für seine Arbeit waren 400 Reichstaler, in vier Raten zu je 100 Reichsthaler, vereinbart worden. Auch wurde ihm die freie Abholung der in Meißen fertig gestellten Orgelteile und seines Werkzeugs, entweder in Dresden oder in Pirna, zugesichert. Außerdem die Vergütung der Transportkosten, um die genannten Sachen mit dem Schiff in eine der erwähnten Städte zu liefern. Die Bildhauerarbeit am Gehäuse war bereits 1740 mit dem Dresdner Bildhauer Johann Jacob Dürrsieb vereinbart worden. Das Gehäuse selbst fertigte der Bärensteiner Tischler Johann Christoph Schütze für 60 Reichstaler.
Am 18. April 1743 fuhren drei Wagen von Dorf und Stadt Bärenstein ab, um die in Meißen gefertigte und zu Wasser bis nach Dresden gebrachte Orgel abzuholen. In Bärenstein arbeitete Hähnel mit sechs Gesellen noch rund 7 Monate bis zur Fertigstellung. Im Juli erhielt der Hof- und Stallmaler George Friedrich Müller den Auftrag zur Bemalung und Vergoldung des Orgelgehäuses.
Die neue Orgel ist am 6. November 1743 vom Organisten der Königlichen Schloß- und Hofkapelle zu Dresden, Johann Christoph Richter und dem Königlichen Hof- Orgelbaumeister Johann Heinrich Gräbner abgenommen und als gut und tüchtig gebaut bezeichnet worden. Am nächsten Tag wurde die Orgel unter Aufführung einer Kirchenmusik eingeweiht. Bereits 1797 waren einige Bauteile so verschlissen, dass eine „Hauptreparatur“ für rund 250 Taler erfolgen musste.
1917 waren nicht nur die Glocken, sondern auch die Prospektpfeifen von Orgeln aus Zinn für den Kriegsbedarf an den Reichsmilitärfiskus abzuliefern. Die enteigneten zinnernen Prospektpfeifen wurden am 7. November 1917 für einen Übernahmepreis von 608,30 Mark abgeliefert. 1925 wurden bei der Erneuerung des Orgelwerkes durch die Hof- Orgelbauer Gebrüder Jehmlich, Dresden, 93 neue Prospektpfeifen, gefertigt aus Zink mit Zinneinsätzen, genau nach Form und Mensur der enteigneten, eingesetzt.
1932 hatte die Firma Barth & Boscher aus Dippoldiswalde die Orgel beim Umbau mit seitlichen Anbauten von Pedal-Windladen und Pedalpfeifen so verändert, dass das Orgelwerk nicht mehr in das barocke Gehäuse passte. Zudem rückte man das Instrument direkt an die Außenwand, womit die notwendige Ventilation und Trockenhaltung der Mauer beeinträchtigt wurde.
1963 legte ein Wirbelsturm zwei Bäume auf das Dach der Kirche. Eindringende Feuchtigkeit verursachte Schwammschäden, die schließlich zum Abbau der Orgel führten. Um das wertvolle Gehäuse zu erhalten, wurde durch die Bautzener Firma Eule 1976 ein passendes und nicht mehr benötigtes Orgelwerk aus Rathewalde eingebaut. Das bereits 1862 von der Bautzener Orgelbaufirma Kohl erbaute Instrument hat dann ausgerechnet zum Weihnachtsgottesdienst 2005 seinen Dienst aufgegeben. Im August 2006 erfolgte eine Notreparatur, aber die Sanierung der Orgel sowie des Orgelprospektes war unumgänglich. Der Finanzierungsplan des Landeskirchenamtes nannte eine Gesamtsumme von maximal 36.050,00 € und enthielt neben einem Zuschuss von 9.000,00 € sowie 16.884,00 € Fördermitteln des Regierungspräsidiums einen Eigenanteil der Kirchgemeinde von 10.166,00 €. So rief die Kirchgemeinde, wie seit 1692 schon mehrfach, wieder zu einer Spendenaktion auf. Die Sanierungsarbeiten der Orgel wurden von der Werkstatt für Orgelbau, C. Rühle, Moritzburg und die Sanierung des Gehäuses von der Dresdner Restaurierungswerkstatt Schirmer und Ander durchgeführt. Die genaue Kostenabrechnung liegt noch nicht vor, doch das Werk ist vollbracht. Bärenstein hat seine Orgel wieder.